L’organisation de la Compagnie reflète son esprit collégial. L’Assemblée générale exerce l’autorité sur l’ensemble de la Compagnie. Elle élit tous les six ans les supérieurs généraux et les quatre consulteurs généraux.
Ronald D. Witherup est le 26e supérieur général de la Compagnie depuis sa fondation.
Jean-Jacques Olier, fondateur (1641-1657)
Alexandre de Bretonvilliers (1657-1676)
Louis Tronson (1676-1700)
François Leschassier (1700-1725)
Charles-Maurice Le Peletier (1725-1731)
Jean Cousturier (1731-1770)
Claude Bourachot (1770-1777)
Pierre Le Gallic (1777-1782)
Jacques-André Emery (1782-1811)
Une interruption due à la « suppression » des sulpiciens par Napoléon
Antoine Du Pouget Duclaux (1814-1826)
Antoine Garnier (1826-1845)
Louis de Courson (1845-1850)
Joseph Carrière (1850-1863)
Michel Caval (1864-1875)
Henri Icard (1875-1893)
Arthur Captier (1894-1901)
Jules-Joseph Lebas (1901-1904)
Pierre-Henri Garriguet (1904-1929)
Jean Verdier, cardinal (1929-1940)
Un retard d’élection dû à la guerre
Pierre Boisard (1945-1952)
Pierre Girard (1952-1966)
Jean-Baptiste Brunon, évêque (1966-1972)
Constant Bouchaud (1972-1984)
Raymond Deville (1984-1996)
Lawrence B. Terrien (1996-2008)
Ronald D. Witherup (2008-)